Im Jahr 1936 nimmt das Unternehmen den ersten Platz unter den inländischen Automobilherstellern ein und erhält positive Reaktionen aus dem Ausland. Mit dem Beginn des Zweiten Weltkriegs und der Besetzung konzentriert sich die Produktion auf die Bedürfnisse Deutschlands. Gegen Ende des Krieges wird das Werk bombardiert.
Škoda belegt mit dem Popular Sport, dem späteren Monte Carlo, den zweiten Platz bei der Rallye Monte Carlo. Der Popular gewinnt weiterhin Rallyes in Afrika, auf dem Balkan und in Uruguay. Die Modellpalette wird um das Mittelklassemodell Škoda Favorit erweitert.
Der Škoda Popular 995 wird vorgestellt. Dieser "Škoda für das Volk" (tschechisch "Škoda pro lid") erhält den Spitznamen "Liduška", ein Mädchenname, der das Wort "lidový" ("Volk") widerspiegelt. Mit dem Ausbruch des Zweiten Weltkriegs gerät die zivile Produktion ins Hintertreffen. Die gesamte Gruppe wird nun von der Reichswerke Hermann Göring AG kontrolliert.
Die Automobilindustrie verlagert sich auf die Kriegsproduktion. Neben Waffenkomponenten werden vor allem verschiedene Typen von Lieferwagen, Allradfahrzeuge und der schwere Traktor RSO hergestellt.
Die ersten modernisierten Škoda Popular verlassen das stark beschädigte Werk Mladá Boleslav. Die Staatswirtschaft wird vom sozialistischen Regime kontrolliert – im Frühjahr 1945 werden große Unternehmen verstaatlicht, darunter die Škoda-Werke in Pilsen und ASAP in Mladá Boleslav.